A manipulação magistral é a prática farmacêutica de preparar medicamento sob medida a partir da prescrição de um(a) médico(a) ou outro profissional habilitado. Diferente do medicamento industrializado (produzido em larga escala com dose fixa), o manipulado é feito uma fórmula de cada vez, com a dose, o veículo e a combinação de ativos definidos para cada paciente.
É uma prática antiga — antes da indústria farmacêutica moderna, todo medicamento era manipulado. Hoje, no Brasil, é regulada pela RDC 67/2007 da Anvisa, exige farmacêutico responsável (RT) com CRF ativo, e cumpre as mesmas farmacopeias da indústria (Farmacopeia Brasileira, USP, etc.).